Le plus propre pour lancer un script PrestaShop en ligne de commande est de créer un controller pour ça.

Pour l’appeler voici la syntaxe :

php -f [dossier de la boutique]index.php "fc=module&module=[nom du module]&controller=[nom du controller]"

Soit dans mon cas

php -f /var/www/index.php "fc=module&module=backupdatabase&controller=cron"

Ensuite le code du controller

<?php
class BackupDatabaseCronModuleFrontController extends ModuleFrontController
{
    public function init()
    {
        $this->module->cron();
        die();
    }
}